單細胞測序技術*了生命科學領域的許多空白,依靠這項技術,康涅狄格大學健康中心和杰克遜實驗室(JAX)的研究人員已經鑒定出了40種視網膜神經節細胞(retinal ganglion cells,RGCs)亞型,以及用于區分它們的遺傳標記和轉錄因子。
得益于液滴單細胞RNA測序技術(droplet-based single-cell RNA sequencing),研究人員現在能單獨分離每個細胞并擴增其遺傳物質來探查RNA組成。這才允許科研人員對給定類型細胞(例如RGCs)進行詳細普查,識別它們不同亞型之間的細微分子差異。
RGCs將視覺數據從眼睛傳遞給大腦,之前已經識別了30種RGCs亞型,利用單細胞RNA測序,研究小組分析了6225個來自新生小鼠左右眼的單個RGCs,檢測到大約5000個表達基因,通過聚類算法運行所得數據,將細胞分類為40個子類型。
由神經科學系教授Ephraim F. Trakhtenberg博士*的這項研究發表于《Nature Communications》,他們為生物學領域的一大類問題提供了新參考:細胞的亞型或類型由什么決定?
哺乳動物中樞神經系統高度復雜,涉及許多專門的神經元類型和亞型以及它們之間的相互作用。研究小組之所以選擇調查RGCs,是因為與其他主要神經元類型相比,它們是迄今為止鑒定出多亞型的一類細胞。并且,其他視網膜細胞類型(例如,光感受器)已經在單細胞水平上被廣泛研究了。因此,研究人員希望測定RGCs亞型之間的分子差異,并找到它們的*標記。
除了鑒定新RGC亞型和生物標記,研究人員還指出了將細胞分化為這些亞型所需的基因表達變異量,并提出了從細胞型群體到亞型群體的層次結構。目前,該研究公開數據可訪問UConn Health網zhan“RGC Subtypes Gene Browser”免費獲取。
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