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多肽合成儀主要以固相合成為反應原理，在密閉的防爆玻璃反應器中使氨基酸按照已知順序不斷添加、反應、合成，操作最終得到多肽載體。固相合成法能夠大大減輕每步產品提純的難度，并且為了防止副反應的發生，參與反應的氨基酸的側鏈都是保護的，羧基端是游離狀態，并且在反應前必須要先活化處理。
多肽固相合成法是多肽合成化學的一個重大的突破，其最大特點是不必純化中間產物，合成過程能夠連續進行，從而為多肽合成的自動化奠定了基礎。
多肽合成儀能夠有效避免人手工操作對人體的傷害(傷害來源有試劑腐蝕)，并且由于程序化設定，可以保證每步驟偶合反應的充分性以及實驗整體的穩定性，多肽合成儀還能在休息時間不間斷進行合成工作。國內外相關研究人員使用多肽合成儀進行的有效研究結果還能為進行多肽合成實驗的學生們提供研究數據并使其模擬合成過程，更好的體驗機械操作多肽合成的全步驟，檢測自己的合成結果。
多肽合成儀還能夠用于合成各種蛋白質與多肽，進行蛋白質結構、功能以及體外相互作用、免疫學等方面的研究，包括合成漢坦病毒核衣殼蛋白抗原多肽片段以及多肽類藥物的研制。
多肽合成的基本步驟：
1.基于Fmoc化學合成，將所要合成的目標多肽的C-端氨基酸的羧基以共價鍵形式與一個不溶性的高分子樹脂相連；
2.以這一氨基酸的氨基作為多肽合成的起點，同期的氨基酸中已經活化的羧基作用形成肽鍵；
3.不斷重復過程，從而得到目標多肽。
多肽合成儀常見問題：
1、做免疫用的多肽多長為合適?
一般10-15個氨基酸，當然長一些免疫效果好一些，不過合成費用會上去。10aa以下的多肽免疫效果比較差。
2、免疫用多肽的純度要很高嗎?
純度高當然好，但是純度越高代價也越高。但是如果純度為90-95%的多肽能產生抗體，65-75%純度的多肽，一般也不會失敗。
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