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內毒素進入機體后，99%很快被清除。內毒素在體內、體外均可引發免疫反應，使單核-巨噬細胞等細胞釋出細胞因子，發揮內毒素的生物學作用，其中涉及誘導細胞死亡，包括細胞凋亡和細胞壞死。

機體內細胞死亡通常可分為兩類：一類是細胞的壞死，物理性、化學性、生物性等損害因子以及缺氧與營養不良等因素均可以導致細胞壞死。壞死細胞的細胞膜通透性增高，致使細胞腫脹，細胞器變形或腫大，細胞結構全面溶解、破壞。早期細胞核無明顯形態學變化，最后細胞溶解破裂，溶酶體酶外漏，并常常引起炎癥反應；在炎性愈合過程中常伴隨組織器官的纖維化，形成瘢痕。

另一類為細胞凋亡，又稱為程序性細胞死亡（programmedcell death，PCD），是由宿主內基因調控的主動而有序的進行性的細胞自我消亡過程，凋亡是通過細胞內固有的生理、生化反應或某種酶的活化導致細胞的死亡，因而具有生理性和選擇性。細胞凋亡過程不出現溶酶體及胞膜中內涵物外泄，故不引起炎癥反應。凋亡的細胞散在于正常組織細胞中，無炎癥反應，不留瘢痕。死亡的細胞碎片很快被巨噬細胞或鄰近細胞清除，不影響其他細胞的正常功能。嚴格來說，程序性細胞死亡與凋亡之間是有區別的，凋亡是形態學概念（如染色體邊集以及DNA梯狀條帶等）；而程序性死亡是功能性概念（不一定存在上述形態學變化），一般情況下兩者可以混用。

“凋亡”一詞由病理學者Curries等于1972年編撰出來，該詞來源于一古希臘語，當時用來描述一種不同于細胞壞死的細胞死亡形態學特征。凋亡的原詞apoptosis是由兩個拉丁語組成，apo意指離開、分離，ptosis意指落下，類似于花瓣或樹葉的脫落，因此細胞凋亡的原意是細胞凋亡時的形態類似花瓣或樹葉的凋落﹐猶如秋天的落葉，它生長發育到一定階段，就會失去生命力，從而脫落。凋亡是細胞死亡的一種主要形式，也可理解為細胞的主動“自-殺"行為。它是一個與細胞增殖、分化一樣的主動的細胞學過程，因此也可以將細胞凋亡看做一種特殊類型的細胞終末分化過程，是多細胞有機體為調控機體發育、維護內環境穩定而由基因控制的細胞主動死亡過程。